第一章
未知的实验室内，机械的声音汇报着最新的消息。
“试验体SG-16C型NO:16已死亡。”
“死亡原因：卸下头盔吸入未知毒素死亡，躯体已被深海巡逻队摧毁无法回收，由于成功的修改了SG-16C-16的意识，实验用装备仍然完好，是否回收？”
端坐在实验室中间的老者说道：“无需回收，从今天开始停止SG系列计划，并且将所有实验数据放至冰窖进行销毁。”
“哈兰德教授恕我冒昧，停止SG计划我明白，但是为什么要销毁？这些数据说不定以后我们还用的到。”实验室中的一名看这比较年轻的研究员问道。
“上面已经快压不住我们进行的实验了，过几天调查员就会过来了，我们能拿出成果给那些调查员那么一切都好说。”老者顿了顿看着刚才提问的那个年轻的研究员“可现只有力量强化改造研究成功了，而且人体强化改造对成年人毫无作用，只有对瘫痪的人才有用，这东西到时候忽悠调查员有用。”
“虽然说是调查员发现了一点端倪，实际上上面已经无法忍受我们毫无进度的研究了。”老者叹了口气“将所有素材进行洗脑送至各各孤儿院。”
正当下面的人准备行动的时候，长者仿佛想到了什么一样补充到“我们的洗脑任然有瑕疵，将所有素材秘密送到送到D8海域附近，并且将那附近的深海引至A189岛上，让善后部门去执行该项任务。”
“现在行动！”
----现在开始行动的分割线----
苍蓝色的大海上，一辆喷气式飞机驶过天空。
“已到达指定位置，正在开始投放素材，指挥部请告诉我的家人我爱他们。”飞机上的驾驶员用颤抖的声音说着。
“士兵你的牺牲虽然不能被大众知晓，但我们会永远铭记，再见士兵！”指挥部中的全体人员站了起来说道：“再见了我的朋友”。
砰！
原本正常飞行的飞机随着指挥部的声音落下，便化为天空中绚丽的烟火，这绚烂的烟火引来了并不怎么友好的朋友，远处的海平面上渐渐的出现了一群黑点，黑点逐渐的靠近，仔细一看这些黑点是一群皮肤苍白的美丽少女只不过这群少女是被野兽一样的东西吞入口中，如果这颗星球的人看见这些东西，绝对会逃走...
因为这些少女是这颗星球上人类的噩梦——深海舰队。
大约100年前，人类爆发了一场规模巨大的战争基本上地球上所有的国家都被卷入进去了，战争结束后人们以为和平可以持续很久，但噩梦才刚刚开始。
战争结束的十年后，各国的海军舰队经常失踪，最开始以为又有人挑起战争，屏蔽通讯之后袭击了舰队，各国的关系逐渐恶化直到联合国拍摄到了一组照片，这组照片的内容大概就是一群被野兽吞入口中的少女袭击了舰队，将原本落入水中的人们全部杀死。
联合国决定组织联合舰队，各国都以为是玩笑但是迫于联合国的威严不得已组织起了联合舰队，各大洋舰队外出巡逻三个多月内并没有发现这群少女的踪迹，就当人们决定放弃的时候那群少女出现了，不过不是出现在联合舰队的面前，而是出现在各国的海军基地内，突如其来的袭击让各国海军猝不及防，外出巡逻的舰队也接收到各自国家紧急回防消息，但时间已晚，各国的海军基地已成废墟。
但那群少女并没有继续入侵到陆地上并且消失几个月，各国在打扫自家的海军废墟时发现，每艘沉船上都有一名未知身份的少女，说起来也好笑当时各国准备抓捕这群少女并且进行解剖，却发现这群少女刀枪不入并且还救下了人类一条命，那群被野兽吞噬的少女再次袭来时这群在战舰废墟中发现的少女却击退了她们，经过这次事件之后各国开始接触这群少女，这群少女自称是船并且可以像船一样在水面上行走，说来也怪这群少女的名字都和当时发现她们的船名一模一样。
在确认这群少女暂时对人类没有任何恶意之后，便开始重新组建海军，但除了那次外出巡逻的舰船逃过一劫，各国的海军基本上是废了，当重新建造的船出来时等待舰长验收，却发生了奇怪的事情，原本钢铁大炮的战舰却在一道光亮中化身成为了美丽的少女，就和在废墟中发现的那群少女一样，她们自称自己是船，并称为舰长是提督。
人类便把这些少女称之为舰娘，不是所有舰长都能成为提督，当新造出来的船只遇见特定人才会变成少女，联合舰队中的舰长基本上都成为了提督，他们的初始舰便是自己所指挥的战舰，而总指挥被这群少女称之为总督，至于为什么以前的战舰都能变成少女那是因为一次检修的时候意外发现已经造出来的战舰也可以成为舰娘，而且不需要舰长在场，她们从出身那一刻便知道了自己的提督是谁。
就当人类以为可以开始反攻的时候，那群被野兽吞噬的少女又来了，不过这次有几个不太一样，她们貌似已经摆脱了野兽，虽然身上还能看见野兽的特征比如尾巴之类的，她们自称深海舰队，提督们开始指挥着各自的舰娘展开了反击，除了联合舰队的几个舰娘幸存下来，大多数新生的舰娘都已经死亡，澳大利亚也已经沦陷，人类在这次反击中失败...
那次袭击过后人类开始让联合舰队的舰娘训练幸存以及新生的舰娘，几个月之后深海舰队再次来袭，不过人们早有准备，已经训练完毕的新生舰娘和提督们在联合舰队的指挥下成功防守住深海的来袭，从此人类开始了对舰娘和预备提督的培训以防止深海的下次入侵。