在这个世界上，舰娘都是由人类转生而来的。
转生为舰娘的人类，会失去过去所有记忆，承载心智魔方中相应舰船的记忆，原先的性格并不会被抹去，而是被魔方中的记忆所影响。不过，人类为了适应舰装强大的能力，只能选择更好的女性身体。
一般来说舰娘都是协会收集到的弃婴所转生而来的，转生成不同舰种，也会在后天影响成长定型之后的体型。
为什么要选择弃婴转化为舰娘呢，一方面是为了弃婴的新生，另一方面转生成舰娘最合适的时间段就是潜能最大的婴儿期。越往后转生为舰娘，天赋也就越低。若是超过青春期也就与转生舰娘无缘了。
为何这个世界上会出现舰娘？这还要从心智魔方开始讲起。
很久很久以前，世界上是不存在心智魔方这一科幻般的东西。自从人类第一次建造出能在海面上航行的载具之后，这个世界的海上载具从此与人类内心发生共鸣。随着时间流逝，这样子的共鸣慢慢产生了实际联系。
大航海时代时期，有无数舰长经历过自己驾驶的爱船不受控制的转向，避开了一次又一次倾覆的危机。迷信的人们认为是神灵保佑的结果，更加虔诚的祈祷。这份祈祷就促使着心智魔方诞生。
时间往后推移，在工业时代迅速发展科技之后，人类造出了真正的铁甲舰，心智魔方第一次以实体出现在人类的世界。
与此同时，同为舰娘的敌对势力——“塞壬”出现了。
“塞壬”毫无预兆地大肆袭击人类的舰船（这时候“塞壬”是没有火炮的都是用手揍的），而人类的舰船碍于庞大的船体，又无法有效回击。损失惨重的人们在偶然的一次战斗中击（撞）败（死）一只“塞壬”之后，在这只“塞壬”的尸体上真正凝结了第一个心智魔方。
当人类与心智魔方融合之后所转生成的舰娘出现在人类眼前时，人类、舰娘与“塞壬”的战争开始了。随着被击沉的“塞壬”越来越多，越来越多的心智魔方出现，人类阵营愈发的强大。最终历时一个世纪，成功将“塞壬”击退。“塞壬”的销声匿迹，让人类如同重获新生。
心智魔方，这是一个拯救了人类未来的东西，但这也为人类带来了灾难。伴随着心智魔方出现的，还有人类不断膨胀的野心和欲望。随之而来的就是不同势力间利益的摩擦。
终于在平衡无法维持的情况下，战争爆发了。
与战争一起出现的是沉默已久的“塞壬”，“塞壬”带着更加强大的武器，如狂风过境一般，横扫人类的海域。处于战争中的各大势力仍各自为战，最终的结果亦是惨痛的：每一次“塞壬”的袭击都是精心策划已久，每一次“塞壬”的袭击都是压倒性的战力。使得人类近乎失去所有制海权。
战败之后，人类被“塞壬”逼的不得不缩回内陆，并且科技水平大幅下降。
不过，天无绝人之路，这一次心智魔方又带来了希望。心智魔方所转化成的舰娘第一次拥有超人般的能力（成功晋升为近代战舰）。并且人类也冰释前嫌，联合起来创建了独立于各大阵营的军事组织：“碧蓝航线”。
心智魔方所带来的灾难早已出现过。这一次毫无例外，“铁血”的阵营突然宣布退出组织，并且与历史对手“皇家”发生了激烈的战斗。在战斗中，“铁血”的舰队中出现了使用“塞壬”新式武器的舰船，在对手手忙脚乱之时发威，击溃了号称“海军荣耀”的舰队。
而现在，“重樱”阵营也出现了异常的状况。
——————————回归主角——————————
“咦，究竟，发生什么状况。”躺在床上的我刚恢复意识便揉了揉双眼。
“唔，怎么感觉，身体好轻。”
在床上坐起来的我，看了看自己的双手。
“这么纤细，好像女孩子的手指啊。”
“怎么感觉胸前沉沉的。”我低头看向自己胸口。
结果是，胸前的弧度已经挡住了看向下方的视线。
“emmm，我一定还没睡醒，”双手拍了拍自己的脸颊，“这两天的做的梦真是奇妙，又是穿越又是变成女生。”我自言自语道，并用右手在胸前揉了揉、
“......”
“啊哈哈，触感好真实啊...”
越来越不妙了啊，我也难以相信自己的判断了。唔...至少下面也...
几分钟后，一个人形物体生无可恋的趴在床上。
“怎么会这样，明明已经可以当上指挥官了，明明我手中紧握着希（魔）望（方），为什么，为什么最后会变成这样...”
我已经去卫生间确认过了，自己是变成女生了，毫无疑问的女生，不是什么奇奇怪怪的扶他，并且被自己的样子萌了一脸血。
我只是喜欢妹子，不喜欢当妹子。
嘛...日子还是要过的，就算我变成妹，我还有一颗百合的心啊。啊，松松垮垮的衣服掉下来了。（穿好穿好）
我身上披着大号海军服，重新坐回到书桌前椅子上。（一脸正经）
记得没错的话，刚才玩弄的心智魔方应该就是让我变成这副模样的元凶。可是现在心智魔方去哪里了呢？按照游戏里设定，每一个心智魔方都会形成一只舰娘...越想越不对劲。不会，这只舰娘就是我吧....
貌似，估计，可能，大概，我就是舰娘了吧....
唔，这可真的不妙啊。刚当上指挥官没多久就因为手贱玩弄心智魔方意外的被魔方变成舰娘，这样的事情放在其他人眼里，怕不是要被笑死。
“我...难道说，真的只是个舰娘吗？”我又按照记忆中的位置，翻开书桌，拿出了自己的指挥官证明。“诶！怎么，怎么指挥官证明中的头像也变成女孩子的模样了。”