主角：玩家。
某日，自称来自未来的博丽灵梦找到了此世界线的博丽灵梦，通知她其他世界被涌入的“玩家”所破碎的现实，并且警告整个幻想乡进入备战状态。
很显然，此世界线的博丽灵梦虽然有着备战的心，但其他的势力却并没有这样的想法，对于她们来说异变就好像是曾经的玩闹一般，这一点就连八云紫也是这样认为。
她们都认为博丽灵梦不必去相信所谓的“未来的博丽灵梦”所说乱七八糟的话语。
而博丽灵梦，自然是坚持着自己的意见，开始积极的备战，准备迎接异变的到来。
就在这样一个大环境之下，玩家在尚且不知道一切的情况下开开心心的活着，与妹红做朋友，暗恋着稗田阿七，在一位村长老伯的劝说下，最终玩家还是提起了勇气，打算在残霞如血的下午进行告白。
然而那一天下午，整个幻想乡变天了。
大量的中世纪人类开始进入幻想乡，与此同时，大结界也因为某些原因而衰败到了终点，中世纪的城堡在一天之内就已经被建造起来，那些人类仿佛拥有着极其丰富的经验一般开始扎住自己的营地，宣战整个幻想乡。
首先遭殃的，便是人间之里。
在那一天，玩家亲眼目睹了稗田阿七的死亡，她就如同往常那般笑着，将自己的孩子交给了玩家，接着在一片火光中焚葬。
抱着稗田阿七的孩子，玩家一脸茫然，他就这么一路逃，逃到了神社当中，博丽灵梦接待了他。
在最后玩家即将离开的那一刻，博丽灵梦告诉玩家。
“整个幻想乡已经没有安身之处了，想要活下去就只能变强大，变得更加努力。”说完这句话之后，博丽灵梦就已经不再过多言语。
大结界的虚弱之下，让博丽灵梦很难再拥有曾经的能力，符卡也被禁止，只留下了最基础的一些效果。
与此同时，地狱也开始发生了转变，管辖幻想乡的那一片地狱开始失去了原本所应有的权限，从地底升至地面，与幻想乡的边界接壤，成为了外界人所渴望的新世界。
很快，规模庞大到覆盖整个幻想乡的战争开始了。
但是出乎博丽灵梦预料的是，所有的势力都展现出了极为强大的能力，完全不像是她们所说的那般不重视，蕾米莉亚更是在一时之间拿出了诸多的吸血鬼与妖精的组合将外界人硬生生的击退回去。
与预想中的结局不一样，这一次幻想乡并没有因此而崩坏，而是准备完全，迎接外界的冲击，不过灵梦却在此中嗅到了一种不同寻常的味道。
这些势力，并没有与她人合作的想法。
哪怕是博丽灵梦亲自去游说，她们也没有任何要停止的意思，很显然，这是一次早有预谋的反叛，在博丽灵梦已经不具备大结界能力的当下，似乎真的很难有什么再去阻止幻想乡内部的分裂，就连以往一直与玻璃深深交好的蕾米莉亚，也说出了“现在的灵梦已经不再具备幻想乡的统治权”这样的话语。
外敌的入侵并没有让她们同仇敌忾，而是野心得到了膨胀。
很难说清这是一种怎样的改变。
在这种情况之下，玩家回到了一片废墟的人间之里，在妹红的劝说下加入了人间之里的反抗部队，在与外地奋力的抵抗着。
在过去的时候，玩家就拥有着足够高的力量与速度，而在外敌入侵的时候这一点得到了充分的体现，很快玩家就变得鹤立鸡群了起来，他偷偷的暗恋上了上白泽慧音，那个平时总是带着微笑，如同邻家老师一般的女孩，但是他始终忌惮着藤原妹红是自己的朋友这一点，迟迟没有下手。
在这样纠结的情况下，中世纪的外敌们已经站稳了脚跟，并且发誓绝对要完全入侵幻想乡，而作为前线阵地的人间之里则是再一次的受到了巨大的压力。
这一次是足以摧毁整个人间之里的灾难。
玩家站了出来，他平静的带领着300人违背了妹红撤离的命令，在人间之里的前哨站与外敌们彻彻底底的战了一场，硬生生的挡住了外敌两千的兵力，让藤原妹红带领着的人间之里逃脱了死亡。
这一次，玩家被俘虏了，中世纪的人们没有杀他，而是把他当做战绩一般带在身边。
玩家受到了很多屈辱，但是他隐忍着，平静的等待着某天的到来。
那一天很快就到了，在一个军官上厕所的时候，他拿出了早就已经准备好的铁丝撬开了自己的锁，接着掏出了外敌的营地，向着博丽神社跑去，最终，他见到了博丽巫女，并且向其寻求帮助。
博丽巫女给予了玩家一只两百人的部队，让他自生自灭去了。
此时，整个幻想乡颇有一种群雄割据的风范，整体无比混乱，在外敌的入侵之下各个势力都开始分裂，让博丽灵梦没有想到的是，雾雨魔理沙也离开了自己，此时，整个神社真正意义上的只留下了博丽灵梦一人以及一个半大的稗田阿弥（稗田阿七之女）。
她感觉到了神社的冰冷，以及一种深受打击的绝望。
然而就在这时候，祸灵梦、白丽灵梦、鬼巫女三人从各自不同的时间线上同时聚集在了博丽灵梦的身边，以求重新统一整个幻想乡。
在这一片混乱之中，旧地狱终究也没有幸免，受到大结界的影响，直接脱离了原本的地底，与幻想乡接壤。
形势越发复杂了起来。
然而在这复杂的背后，有那么一只手默默的，淡淡的拖动着这一切的发生。
八云紫，她目光深邃而又悠远的注视着一切。
作为一切的始作俑者，她清楚的明白并且了解着这一切。
在这背后所隐藏的，也许是比月面战争更加复杂的东西，上一次是对妖怪进行整改与清洗，这一次便已经轮到了幻想乡？
不，也许不是这样。
这个时候的幻想乡已经不再是八云紫一人能够左右的了。
在竹林当中的八意永琳明白这一点。
于是一向避世的永远亭浮现在了中世纪人类的面前，里面月兔所化作的人类开始对整个中世纪的人进行驱逐，很显然，拥有着极其丰富的药材以及高科技武器的月兔拥有着史无前例的优势，但是在这样的优势之下月兔却显得有些懦弱。
她们毕竟没有上过真正的战场，没有办法接受战场那种视人为草芥的残酷氛围，很快，这些月兔便已经陷入了守势。
八意永琳目睹了这一切，不过她也并没有阻止，她只是想用这种手段来告诉八云紫如果她想要做什么自己也绝对不会如同往日一般袖手旁观。
这一次是整个幻想乡的危机。
不危及到自己这边还可以坐视不理，但现在整个幻想乡都受到了影响，很难说明这些不是八云紫所搞的鬼。
而且消失的也不仅仅是符卡，就连这些大妖怪以往所拥有的“能力”也消失一空，这就有些诡异了。
为了查明幻想乡大结界崩溃的真相，博丽灵梦只身一人踏入了边缘之地，与此同时三位灵梦分别带领着博丽灵梦的三只军团驻守在博丽神社的附近。
在只身前往边缘之地的博丽灵梦，遇到了玩家。
此时的玩家，已经经历了无数战斗，将自身技艺练习到了极致的杀手，他提出想要和博丽灵梦一起去看一看大结界到底怎么了，是什么造成了这次的动荡。
于是，两人一起行动了。
很快，就在边缘之地，博丽灵梦看到了事情的真相。
八云紫利用隙间沟通了玛艾露贝莉·赫恩，并且利用其隙间的能力将现实与幻想乡之间的屏障变得削弱，接着又利用隙间来连接其他时间线的世界，让中世纪的战士们来到这个梦与花一般的幻想乡，让他们彻底开始毁灭一切。
了解到一切的博丽灵梦有些不可置信的目睹着八云紫将自己过去辛辛苦苦所建立的一切全部推倒重来。
接着，博丽灵梦陷入了极端的愤怒之中。
回到博丽神社以后，博丽灵梦向八云紫全面宣战，玩家也没有想到曾经幻想乡的代表人以及幻想乡的创建人会闹到这一步，但很显然，这件事情注定有一方要为此承担代价。
八云紫猜到了博丽灵梦也许是知道了什么，于是她没有什么犹豫的就转入了阎罗王的手下寻求庇护，而对此完全不知的阎罗王自然也就同意了八云紫的加入，但是却并没有放下对八云紫的戒心。
与此同时，鬼人正邪在了解到博丽灵梦打算去攻击八云紫的时候欣然加入了博丽灵梦的联盟当中，她更加渴望着把整个幻想乡搅的天翻地覆。
开弓没有回头箭，幻想乡的第一次内战也随之而来。
对此，中世纪外敌表示围观，并且撤回了自己的部队，很显然，他们很赞成自己的敌人这样自损兵力的行为。
两军对峙，最终却在守矢神社的不远处打了起来，很显然，守矢神社不可能让两人就这样在自己山脚下战个痛，她们派出兵力阻止，却被愤怒冲昏了头脑的博丽灵梦当场格杀，而八云紫也没有搭理东风谷早苗的意思，于是在这样一片微妙的氛围当中，东风谷早苗开始出兵，同时向两人宣战。
蕾米莉亚参加了这次的战争，她想要借此来让所有人看看谁才是真正的幻想乡的王者。
而这时候，玩家则是在博丽神社当中目光复杂的看着稗田阿弥，这时候的阿弥已经很懂事了，她自称继承了自己母亲的智慧，想要让玩家彻底终结这场困扰了整个幻想的战争。
但是，该怎么阻止呢？
在思考了一会儿之后，玩家目光复杂的道别了阿弥，来到了重建之后的人间之里，与上白泽慧音见了一曼，袒露了自己的心声，最后平静的离开。
他来到了中世纪的领地，开始诉说自己的请求，他要求带领中世纪人们彻底占领整个幻想乡，并且无比狂妄的将整个队伍冠以“幻想乡之王”的名号。
很快，玩家就受到了中世纪将领们的待见，他们很欣赏魁这样有勇气的青年，并且给了魁一百人，让他去阻止博丽灵梦与八云紫的战争。
这更像是一种嘲笑。
然而就在这样的嘲笑之下，玩家毅然决然的踏上了路程，带领着这一百人，一路招兵买马，多多少少凑齐了三百人，利用这三百人在幻想中四处寻找，终究是找到了古明地恋的痕迹，很快，玩家就借助着古明地恋得到了与古明地觉交谈的机会。
在彻底的将自己的想法告诉古明地觉之后，经过了短暂的挣扎，古明地觉终究还是同意了玩家的建议。
很快，古明地觉出兵，从背后偷袭博丽神社，博丽灵梦在明白了这一点之后迅速回撤，两方部队在温泉关进行了一场生死之战，最终的战斗，是被愤怒冲昏了头脑的博丽灵梦被硬生生的打醒。
玩家并没有因此停止，他重新回到了中世纪城堡内，炫耀着自己的功绩，很快所有的中世纪将领都认识了他。
玩家终于得到了他如愿以偿的东西。
中世纪将领以及与其匹配的军队。
他开始向整个幻想乡宣战，让幻想乡所有的势力苦不堪言，没有人知道玩家的军事实力为何会那么的强大，这其中有着八意永琳和八云紫暗中帮助的因素。
这场战争就这样一直持续了五年，玩家从将领的位置爬到了总指挥的位置，相当于中世纪的国王，在拥有着兵权的情况下，玩家仍旧在四处征战着。
这是他给自己的定位，一直征战到自己死去。
只要有外敌存在，幻想乡就不会因此而彻底崩坏，而一旦自己死去，所有的势力失去牵制，那么终究只会在内斗当中把一切都毁干净。
玩家没有选择当一个救世主，而是选择了一份黑暗的职业，让自己成为了幻想乡所有人的敌人，让她们忌惮自己，只有这样才能够保持住幻想乡的平衡。
幻想乡，已经不再是过去那般和平，悠闲。
所弥漫在这片土地上的，是迷茫和灾祸。
人民无法安居乐业，战争至今仍旧未曾停止，谁也不知道幻想乡的明天，将会持续到什么时候。
【完结】