深海怨念是一种仍未解明的未知物质。它可以进行三态转化，作为固态时一般是作为深海的躯体出现。无论是任何深海，她们的身体都是由深海怨念组成，但随着深海智慧的增长，其身躯的硬度也会相应增加。目前仍未解明深海的躯体内部情况如何。
当深海被击中时，其躯体在战斗中时会缓慢修复创口。一旦深海脱离战斗且位于深海怨念密布的海域，其伤口会迅速复原。因此作战时务求直接击杀，作战目标逃脱则等于前功尽弃。
当深海被击杀后，其组成躯体的深海怨念会迅速转化为液态或气态，目前脱离深海躯体的固态深海怨念极为罕见，这或许与它的物理性质有关。
深海怨念的天敌是舰娘产生的亚空间能量，没有亚空间能量增强的炮弹极难击穿深海的护甲。在对抗深海时，一枚“战斧”导弹造成的伤害甚至不如舰娘发射的二战时代12.7厘米舰炮直击。
在战争伊始时，美国，中国与俄罗斯都曾用核武器攻击深海聚集地。但纵使是核弹这种毁灭级武器似乎都被深海怨念阻挡了下来，甚至卫星都没有在核爆区域侦测到核辐射沾染，可见用人类武器对抗深海是极为不现实的。
由气态与液态深海怨念形成的深海占领区本身的威胁也不可忽视。美国与中国均多次使用无人机和无人潜艇对深海占领区实行侦查，事实表明，在进入深海占领区的瞬间深海怨念便会对航电设备进行破坏，大约30分钟后丧失所有电子能力，无法定位设备位置。从少数在深海怨念里泡了个澡但并未失事的无人机上发现，无孔不入的深海怨念实施破坏的方式简单粗暴——直接以莫名的方式扰乱设备本身的分子排列。而当它们离开深海占领区的一瞬间，深海怨念又会离开无人机，留下一个甚至部分配件物理性质都被改变的破烂无人机。
有突发奇想的研究员试图从深海占领区内取出深海怨念样品以供研究，但他的计划失败了。一名舰娘用箱子装了5千克已被污染的海水，但在驶出深海占领区后再打开箱子，箱子里已然变成清澈无比的普通海水。在不断更换箱子材质超过五百次后，该研究员放弃了这一实验并认为，任何凡俗物质都关不住深海怨念。而唯一能与深海怨念产生反应的只有亚空间能量，两者相互接触的同时便会相互湮灭。
关于深海怨念的本质，各国的研究院都得出了不同的假说，由于深海的存在太过奇异，因此这些假说的唯心论数量甚至压过了唯物论。
目前有一个诡异的假说在各大科学院流传：深海怨念本身即具有智慧，所有深海的灵魂来源和物质来源均为深海怨念。因此，不是深海操纵深海怨念，而是深海本身就是深海怨念的一部分。
如果这个结论成立，那么我们面对的不是几千万个深海，而是一个身体面积甚至超过地球陆地面积的恐怖怪物。由于这一假说过于诡异和恐怖，因此不建议传播，以免给军方和民众带来混乱。
有关亚空间能量的研究成果请参阅 目前可以公开的情报：亚空间能量