二零五零年，一支神秘的人形舰队忽然在大西洋中显形，将本来和平的地球拖入战争的漩涡。这支舰队的武器装备远在人类之上，派去的舰队无不被全部歼灭，短短几日，人类失去了对大西洋的控制权。
正当全球人类决定联合起来，共同抵御大西洋神秘舰队的进攻时，却传来在太平洋，印度洋，北冰洋等地发现同样舰队，它们破坏海上交通，袭击各国舰队，甚至对沿海进行炮击轰炸，一时间，各国港口纷纷告急，人类无力抵抗，制海权落入了神秘舰队的手里。最后它们切断了海底电缆通信，四大洲俨然成为孤岛。
就在人类束手无策，陷入绝望，只等灭亡之际，一些身带奇特武器装备的异人站了出来，成为抗击神秘舰队的先锋。这些异人的武器装备形状虽然各异，但均符合第二次世界大战时军舰的形态，所以人类为其取名为舰装，而这些异人无一例外全是女性，因此她们的称号为——舰娘。
舰娘的参战为人类的生存取得一部分空间，随着战斗的进行与深入，她们挖出了关于神秘舰队的一些底细，它们居住于大海深处，是历史上数次海战沉默的军舰成为怨灵演化而成，因此这支危害四方的神秘人形舰队被正式命名为深海舰队。
时间：二零五五年十月，地点：中国南海
蔚蓝的海平面上，6人舰娘小队正和小股深海部队互相胶着。
“众人听令，变复纵阵型，弗莱彻，基林，克拉克斯顿拖住两只驱逐，罗德尼纳尔逊缠住轻巡。”小队旗舰俾斯麦一声下令，他一马当先冲到最前方，撑开防护力场阻挡飞过来的炮火。
弗莱彻，基林和克拉克斯顿从左翼突入，和两只深海驱逐舰激烈交战，罗德尼纳尔逊两海军大七护住右翼炮击深海轻巡。随着时间的流逝，舰娘小队占据了优势。
“全队梯阵，迅速消灭敌方！”
深海驱逐一只燃起了大火，眼见是要沉了，驱逐这边基本上可以认定三打一。被罗纳炮击的三艘轻巡洋舰尽管没有受到致命一击，但炮弹擦伤无数，如果擦伤的只是小水管倒也无妨，关键在于他们面对的是两位大七的406，就算仅仅是擦伤，也很快吃不消了，再加上俾斯麦的护盾力场，根本不用担心被击伤，胜利似乎手到擒来，机不可失，俾斯麦立即下令全员突击。
“快看！”
罗德尼朝天上一指，众人齐刷刷抬起头朝她所指的方向看去，晴朗的天空中出现几个小黑点，那几个小黑点越来越近，最终露出了真实形态，赫然是七架飞机。其中包括两架战斗机，三架鱼雷机和两架俯冲轰炸机。
“全员收缩轮型，赶快！”俾斯麦大喊，率先开启舰装上的防空炮，对气势汹汹的飞机进行跟踪扫射。
很快，一道防空弹幕网形成了，那七架飞机固然凶悍，但一时间也奈何不了她们。
深海水面舰艇虽然遭受到不同程度的伤害，但并未完全丧失战斗机，集结后卷土重来，两艘驱逐舰和三艘轻巡投下鱼雷，众人连连躲避，就在这时，一架轰炸机找准空隙，如同看见小鸡的老鹰一样猛地俯冲下来，投下一枚炸弹。
“不好！”
克拉克斯顿刚闪避掉一颗鱼雷，忽见风声大作，一抬头就看见一颗炸弹正朝自己所站的方位下落，这颗炸弹显然是预判了她的走位，提前投放，她没有办法再次闪躲，不禁尖叫起来。
眼见这颗炸弹就要将她送入海底，只见一个人瞬间出现在了自己面前，接着炸弹发生了爆炸，克拉克斯顿紧紧抱住了头。
硝烟过后，她将手移开，发现挡在她身前的正是舰队旗舰俾斯麦，想必是撑开了力场，防住了一波舰爆的袭击。
“谢谢！”克拉克斯顿神色有些惊慌。
弗莱彻和基林不约而同朝克拉克斯顿处收束，重新填补防空弹幕。
俾斯麦这一救援，阵型也就乱了，深海舰载机开始肆无忌惮地投下炸弹和鱼雷，舰娘们且战且退，局势瞬间变为不利。
“看飞机数量，不远处应该有一艘轻型航空母舰，为今之计只有找到它才能扭转局面。”纳尔逊火力全开，逼开了飞机和水面舰艇，来到俾斯麦身边说。
俾斯麦点点头，陷入沉思，少顷她抬起头，问：“你们五个人能够坚持多久？”
“极限二十分钟。”
“足够了。”俾斯麦神情坚定，“众位听令，罗纳上前，掩护队伍，立即恢复防空阵型！”
在前有炮击，上有空袭的情况下恢复阵型实属不易，舰载机的火力和一干驱逐轻巡相比孰轻孰重大家心知肚明，由于重在防空，主炮的命中率差了很多，对水面舰艇的防御也大大减弱，数颗炮弹尽数打在罗德尼和纳尔逊的舰装上。
战列舰的优势在此时发挥得淋漓尽致，装甲厚重，能经受住狂风暴雨般的打击，而且大口径的主炮就算打不中对面，落入水中激起的数丈水柱也足以达到威慑和掩护效果。
眼见好不容易恢复了阵型，俾斯麦开足马力，朝前方冲去，左右灵活躲避着飞来的炮弹，一旦躲不开就展开防御力场，幸运的是没有引起一架飞机的注意。话说回来，就算深海分出几架飞机进行追击，这意味着小队的防空压力会得到大大减少，单凭自己的防空能力对付寥寥几架还是有余力的，但是这样的话前进效率就会受到降低，多耽搁一秒钟就会让舰队危险增加一份。
四周的景物走马观花地变化着，穿行在海平面上犹如踩在旋转的球体上，视野开阔，但始终没有发现敌方轻母。
在哪里？你到底在哪里？
不久，一个黑影出现在海平线上，那个黑影似乎也发现了向它冲来的俾斯麦，立即放出一些小黑点，随着距离的拉近，俾斯麦看清楚了黑点正是飞机，换句话说那个黑影就是所要找的轻型母舰。
飞过来的是一组舰爆，等进入防空圈后，俾斯麦打开防空炮，同时躲避着舰爆投下来的炸弹。
越来越近了，越来越近了。她甚至能清晰地看到深海轻母两只紫红色，带着怨恨的眸子，诅咒着万物的沉没。
那一组舰爆投完后飞了回去，不久又携带着炸弹重新整编起飞，向俾斯麦疯狂俯冲下来。看得出来，这一次深海空母的目的就是无论任何代价都要投中俾斯麦，哪怕舰爆机有去无回。
情形显而易见，如果再投不中，损失的就不仅仅是那几架飞机，而是整个航空母舰。
靠近，靠近！
防空炮很快打下了三架飞机，可是还有三架飞机正不要命的扑过来，如果让这三架飞机来到头顶，那情况就很难说。
靠近，靠近！
就在这千钧一发之际，俾斯麦来到了预定位置，四门两联装主炮调转方向，瞄准了目标空母。随着一声炮响，八颗炮弹夹着劲风轻易击碎了轻母的装甲，接着是一发响彻云霄的爆炸。
这艘轻母正是遭遇小队的指挥旗舰，进入合适的范围对旗舰进行狙击，一发入魂。“射人先射马，擒贼先擒王”，这正是作为俾斯麦“旗舰杀手”的凶残与浪漫。
“结束了。”
伫立于再度恢复平静的海面上，俾斯麦抄起双手，凝望远方，长长地呼出一口气。
同一时间，距离前线后方三十海里处，一干舰娘正驻守在一艘重巡洋舰附近。
“报告指挥官，前线传来消息，深海小队被顺利歼灭，我方大获全胜！”舰船的舰长室，一个带着电台耳机，留着橘色披肩长发的眼镜女孩报告道。
女孩后方的舰长椅，坐着一身穿海军军装的年轻男子，翘着二郎腿，左手撑着脑袋，当听见女孩的报告，他的嘴角凝起一丝笑意。
暗云低垂，卷积翻涌，海风吹拂着“雅典娜”号重巡洋舰，呼呼风声犹如远古神祇护佑的歌谣。
星河灿烂，夜幕降临了。
众舰娘聚集在餐厅里，围着一张大餐桌享用晚餐，谈笑风生，其乐融融。
“你们有没有觉得这次远征透着怪异？”说话的是位叫做重庆的舰娘，“远征的主旨是获取大量资源而不是抗击深海，对深海主力基地都是采取远路绕过，就算半途不巧遇上，充其量只是散兵游勇，不足为惧，所以远征之事按照传统都是全权交予我们负责，为什么这一次艾云提督会提出亲征？”
俾斯麦十指交叉，说：“不瞒各位，一路行来我一直在思考这个问题。”
重庆继续道：“相比远征的事，我认为南海镇守府的事更为重要，他这样做有点本末倒置。俾斯麦，胡德，你俩是提督指定的秘书舰，能不能去……”
俾斯麦打断道：“我们何尝不是这样想的？可是每每谈起此事，他就一副讳莫如深的样子。”
“……”
“行了，各位别瞎猜了，吃饭吧，我想提督这样做一定有他的道理，致死我们还不知道而已。”
气氛重新回到轻松愉快，正聊得高兴，餐厅的舱门就被打开，进来的人身穿海军服，却是临时招募的人类雇佣兵。
“俾斯麦，胡德小姐，指挥官找你们。”
两位秘书舰点点头，放下碗筷，离开餐厅，朝舰长室走去。
舰长室门前，俾斯麦连叩三下，随着里面响起一声“进来”，两人推门而入。
南海镇守府提督艾云笔挺条直地站在海图旁，正聚精会神地盯着海图。俾斯麦和胡德走进后，他招了招手，示意她们过来。
“现在我们已经进入菲律宾群岛，明天就可以到达资源目的地黑礁岛，”艾云在海图上比划着，“上岛后有几件事需要做，第一，立即派遣所有雇佣兵和工人开凿矿井油田，以最快的速度获取资源；第二，在岛的南部建设岸基重炮；第三，任命纳尔逊为临时指挥官，监督工事开发进程，罗德尼从旁辅助，建立海防。其余舰娘分散在黑礁岛附近巡逻，提防深海部队的偷袭。”
“建设岸基重炮海防？”胡德一脸懵然，“重庆刚才说过了，我们远征的主要目的是获取资源，就算有深海部队前来，对我们也是避之不及，建立海防需要耗费一部分资源，似乎有些得不偿失吧。”
俾斯麦也点点头，默认了胡德的看法。
“到时候你们一定会知道的，”艾云再度看向海图，“地图显示，黑礁岛再往南就是锡布延海峡，俾斯麦胡德，明儿我们带上海伦娜和亚特兰大去那里走一遭。”
俾斯麦和胡德面面相觑，前者皱了皱眉毛，问：“去那里干嘛？”
艾云笑道：“我想你们一直存在一个疑问，为什么这次远征我会跟来，其实就是为了去锡布延海峡看一看。”
“不知道指挥官是要去那里看什么？”胡德问。
艾云右手撑着下巴，说：“对不起，我无法回答你的问题，因为我自己也不知道。”
两位秘书舰对望一眼，从神态看似乎根本无法理解艾云的做法。
“这件事我们暂且放一下，”俾斯麦说，“指挥官，还有件事让我颇感费解，据情报，这次黑礁岛资源数量巨大，理所应当选择更多精英舰娘，为何要专门带上克拉克斯顿这种不入流，拖全队后腿的角色？白天一战差点被舰爆投中。”
艾云笑道：“你当初不也是不入流的小角色吗？说到拖后腿，你们二位拖后腿的次数可是连十根手指头都数不过来，还不是成长为秘书舰。”艾云的笑容消失了，接着说：“让每一位舰娘健康成长是作为一名提督的职责，让她们看清这片大海究竟蕴藏着什么，在出击中体会到舰队的荣耀，目睹战争的残酷，迎接蜕变，成为一名真正有担待的舰娘。我们是一个整体，单靠某一个，某几个根本无法将海域从深海手中夺回来，对深海舰队起源的调查更是无从谈起。”
俾斯麦争辩道：“但是今天她差点被击中。”
“我刚才说过了，我们是一个整体，就算当时你没来得及上前，弗莱彻和基林也会从旁协助的。”
“……”
“好了，有些事情不必强迫自己马上弄明白，你们先去吧，黑礁岛之事纷繁庞杂，你们要小心处理，一定要做到事无巨细。”
“是！”两位秘书舰恭敬地敬了一个军礼
次日，“雅典娜”号在黑礁岛停靠，计划紧锣密鼓地展开，有条不紊。搭建好岸基重炮后，“雅典娜”号重型巡洋舰在俾斯麦，胡德，海伦娜和亚特兰大的护航下拔锚起航，朝锡布延海峡行驶。
天气晴朗，万里无云，风平浪静，艾云站在船舷边凝望着大海，若有所思。
这是一个长相年轻的提督，看上去约摸二十六岁，中等身材，两弯淡眉和双眸如同女孩般清秀，就是这样一个看起来文弱的男青年，谁会想到竟然是众位舰娘的最高统治者。
深海舰队是由地球多年来的战争中沉没于海底船只的怨灵所化，这是当今公认的对深海的解读，乍一看似乎能够解释这支谜一样的舰队，因为从人类与它们的多次接触中发现，深海舰种从驱逐，轻巡，重巡，战列，轻母，正航，甚至航战航巡等奇葩舰种一应俱全。在二战初期，航母异军突起，战列舰已经显出颓势，苟延残喘到1991年后，战列舰这种舰种正式消失，所以这充分证明了深海的来源时间段正是二战期间，换句话说，是来自于二战战沉的船只。
那么问题也就随之而来，一切事物的发生总会有一个契机，是什么契机造就了深海舰队？直到现在依旧是一头雾水，与深海相持阶段，人类数次暗中派遣舰队深入深海进行调查，要么什么都没有找到，无功而返，要么遭遇深海伏击，全军覆没。
在与深海进行无休止的争锋中，艾云坚持一种古老的说法，他认为，深海舰队的症结就是其起源，只要弄清楚它们是如何形成出现的，就相当于找到了击破深海的锁钥，便能从根本上将其击败，将制海权重新夺回。
这无疑是个天大的难题，先不要说能不能找到，几代人的尝试最后都以失败告终，退一万步，就算找到了，到底是不是深海舰队的死穴，一切都还很难说，因为迄今为止没有任何证据和迹象证明这一点，纯属艾云的个人想象。
海面传来一阵水声，艾云从思考中惊醒，举目遥望，正是向“雅典娜”号靠近的海伦娜。
“什么情况？”
“大事不好了，指挥官！”海伦娜说，“刚侦测到前方深海主力舰队正向这边高速前进，两艘N级航战，两艘O级正航，三K级战巡以及两M级战列。”
“怎么可能？”艾云吃惊不小，“上一次南海会战，我们联合其他镇守府进行抵抗，一直将深海舰队逼回了太平洋，如果还有小股部队在锡布延还自罢了，怎么可能会出现如此庞大的主力舰队？”
“提督，怎么办？”
“你马上通知其他舰娘，立即向后撤退。”
艾云刚进入舰长室，检测员大喊：“指挥官，侦测到大量炮弹向这边袭来。”
“右转舵！”
雇佣船长立即右转，炮弹全部砸在了舰船两侧。
“报告指挥官。”又是海伦娜发来的消息，“前方发现大量飞机。”
“胡德，俾斯麦立即向海伦娜和亚特兰大收缩，以‘雅典娜’号为中心展开轮型阵，防空炮准备！”
艾云大汗淋漓，心中难免庆幸，幸亏自己先见之明，对锡布延的暗查带上了海伦娜和亚特兰大，两人都装备了博福斯防空炮和VT弹，为的就是预防万一的飞机空袭，想不到真派上了用场。
“指挥官，飞机太多，恐怕支撑不了多久。”胡德传来讯息。
那是自然，对面全是O型航母，自然不是吃素的，而且还有战列战巡环伺，必须立即撤退。
海平面终于浮现出敌方舰队，金光闪闪的深海战列舰和深海战列巡洋舰同时齐射，无数炮弹在舰娘周围炸开四五丈高的水柱，更有一颗直接冲向俾斯麦，俾斯麦眼见躲不了，撑开防御力场，只听见轰的一声，炮弹爆炸，防御力场破裂，俾斯麦被弹飞，在海面上连打几个滚。
“俾斯麦！”艾云大喊。
“提督大人，我没事——我去，大口径的炮和驱逐轻巡的小水管就是不一样。”
战列战巡第一轮炮弹已经开过，机不可失，艾云一声下令：“阵型不变，全员右转舵后撤，海伦娜，亚特兰大，确保防空弹幕！俾斯麦胡德，炮击敌方，掩护轻巡！”
提督座舰雅典号重型巡洋舰也配合俾斯麦和胡德对敌方展开炮击，深海战列和战巡航速稍有阻遏，两者距离越拉越大，眼见马上就要离开炮火范围，就在这时，第二波空袭来临。
这一波空袭深海航战和航母派出了更多的飞机，纵使装备了博福斯和VT弹的海伦娜以及防空专业户亚特兰大渐渐感到力不从心，一个不小心，防空弹幕出现缝隙，一架轰炸机俯冲下来投下炸弹，正好砸中了亚特兰大的舰装，数十防空炮被炸毁，防空火力大大减弱。
亚特兰大重伤，仅凭海伦娜和重心转移到防空的俾斯麦胡德根本无法应对，深海舰载机开始肆无忌惮地袭击，俾斯麦胡德舰装多有损伤，雅典娜号前后甲板被投中燃起大火。
艾云舰队速度慢了下来，后方深海大战舰立刻追了上来，并进行第二轮炮击，眼见一炮比一炮近，雅典娜号船身摇晃得越来越严重，当带头的战列舰开出第二轮的最后一炮，穿甲炮弹直接砸在了雅典号的船尾五号炮台上，炮台即刻被摧毁。
第二轮空袭接近了末尾，艾云立刻下令全员改变复纵满速向黑礁岛靠近，只要会和纳尔逊罗德尼和构筑的海防，便可与之一战。
没有了航空支援，艾云舰队和深海大战舰再次拉开距离。
“报告舰长！深海战巡和战列停住了。”检测员说。
“停住了？”
它们怎么不追了？这是怎么回事？艾云十指交叉，抵住下巴。
如果我是深海，断不可能半途而废，就现在情形看，我方处于大劣势，作为深海，只需要在后穷追不舍，等待第三波空袭就能瞬间扩大优势，置我们无休止的被动，为什么它们突然放弃显而易见的优势？
等等，南海会战……锡布延……深海主力舰队……战巡，战列，航母和航战。恍若一阵晴天霹雳，轰击着艾云的大脑，一种恐怖的想法油然而生，他“嗖”地一下站起来，大喊道：“全员左转舵规避炮火！”
话音未落，只见海平面两边忽然浮现出两个巨大的黑影，那是一个诡异的人形生物驾驶着由钢铁铸造的鲸鱼形舰艇上，正是深海航战的具象。
两艘航战同时开火，炮弹在艾云舰队周围炸开了花，分析炮弹轨迹和落点，如果不是提早规避，估计得落得个船毁人亡的下场。
麦克里传来海伦娜焦急夹杂着惊恐的声音：“提督，不好，第三波空袭来了。”
雅典娜的雷达也已显出，有不少飞机正向这边飞来。
“检测员，距离与黑礁岛信息连接还有多久？”
“大概一分钟！”
“行——各位听令，保持复纵，开足马力，朝黑礁岛前进！”
刚才停下的深海战巡和战列又出现在后方，并开出了第三轮炮弹，不过面对复纵阵型的艾云舰队，炮弹尽数落空。
时间在一点点流逝，舰载机的距离越来越近，双方都在争分夺秒，争取在对方之前达成目的。
这一次，真正地将生死交予了上天，那么上天你又怎么宣判呢？艾云闭上了眼睛，默数着。
“报告舰长，通信联通！”
艾云猛地睁开了眼睛，那一刻，鲜亮的双眸迸发出生的希望和满载坚定的锋锐光芒，刻不容缓，他下令：“全员轮型，专注防空。岸基炮准备！”
飞机在第一时间同时到达，但是队伍迅速变为防空阵型，几架莽撞俯冲的飞机立即被击落，不过雅典娜号就有些惨了，轮型阵型少了闪避，受到航战和战巡战列的围攻，在岸基炮准备期间，船身上下没有一块是完好的。
“指挥官，岸基炮准备完毕！”
“等的就是这个时候，”艾云大吼。“发射！”
一团火球从海平面前方跃出水面，在空中划过一段美丽的优弧，直向深海大战舰聚集之处飞去，不一会儿，海面为之震动，火球化为大海象征胜利的水花。
“报告，深海大战舰群，舰载机群，两艘航战向后撤离，已脱离火力范围。”雷达检测员报告。
“知道了。”艾云迟疑地点点头。
“纳尔逊，罗德尼，重庆，应瑞，肇和来了！”海伦娜喊道。
艾云走上被炸得一塌糊涂的舰桥，拿起望远镜朝黑礁岛望去，果然，如同蓝色绸缎的海面上，五位舰娘划着整齐一致的轨迹向雅典娜号靠近。