同样的战舰，名为“王虎”的旗舰；同样的帝国上将，名为“曼陀菲尔”的将军；同样的军队，名为“黑色枪骑兵”的帝国獠牙。
端坐于指挥椅上的帝国上将有些无聊的看着九月几人：“总算来了，等待总是辛苦的。”
“外表虽然不同，但你们那相同的灵魂波动可是骗不了人的。”
“灵魂波动？看来你与初见之时有了明显的不同。”九月看着认识已久的将军，与上次见面相比，变化明显。
“这是陛下的赏赐，也多亏了你们的帮忙。”
“我们的帮忙……”
“这是你们当时给我的，说再次遇到就给你们。”从她的手里飘出了一片蓝光落在九月等人的身上，“好像你们还差几人，不过没关系，相信你们自己有办法的。”
“办法， 是有的。”桔梗收纳了属于自己的那一份。
“既然你们到此，我就好好招待你们一番吧，帝国各个星球的特产我可带来了不少，特别是来自奥丁的黑啤。”
“帝国到这里可是十分遥远啊，来这里可是十分辛苦……..所以…”
“….就来比一比吧….”雅柏菲卡可十分高兴，毕竟之前遇到的可都是些蝼蚁，酒量真不行。
九月等人在与ZAFT神秘盟友会晤后，一切已明了。
一切都是一个局，都是自己所做的选择。
一统广袤星海的那位凯撒在九月等人的帮助下掌握了收集信仰的方法，纳所统银河信仰于一身，万载不陨。
那所谓的援军只是双方互赢的条件罢了。
远离PLANT的九月等人不知道的是，在PLANT正发生着一场血腥的大清洗。
荷枪实弹的士兵们开始搜捕包括克莱因派在内的所有可疑人员，任何不合作都会招来一顿痛打甚至枪杀，惊慌之下乱跑的小孩被来自远处楼顶的子弹贯穿身体，愤怒的父母来不及抗议就当成被以拒捕的罪名枪杀，而后冷漠的士兵们开始搜捕下一个目标，满地的鲜血和尸体交给市政局处理。
身处秘密工作的军情局更是被彻底清洗，大批的一线战斗人员被临时调至军情局，开始对原军情局人员进行清洗。
在军队，清洗进行得并不顺利。一些人已提前得到了消息，搜捕行动变为作战，追捕人员迅速将逮捕改为就地枪决。
血染的风暴迅速席卷整个PLANT，鲜血首先开始从自己内部流出。
71年7月12日，永恒号被劫，阿斯兰反叛，新一轮的血腥风暴再次掀起。
因为清洗，大批人员被调离岗位，接管这一切的ZAFT不熟悉情况，管理措施漏洞百出，引起了前所未有的混乱。
特别是PLANT的物资流转可以说是乱七八糟，很多失踪的物资无论如何再也查不出来。
萨拉手里的一张张名单，白纸黑字，是无数鲜活的生命，即将失去的生命。
“为了胜利，我们在所不惜！”
“出了胜利，我们将会失去一切！”
“费斯特，清洗继续进行，把那些不可靠的人、外部势力安**PLANT的眼线一起除掉。”在整整一叠逮捕文件和死刑判决签字后，“独裁者”萨拉说道，在他右手挥动的瞬间，数千人的命运已被注定。
“宁可枉杀，绝不放过，这次一定要把PLANT清洗干净。”
随着血色风暴愈演愈烈，整个PLANT被统一在萨拉的旗帜下。
非战即为叛国，要么选择战斗，那么再也没有选择的权力。
除联合军与PLANT两个势力外，第三势力也在积蓄力量。
战争即将进入最后的、亦为最大的决战。
大清洗不是目的，而是手段。
大规模的屠杀导致Terminal在PLANT的情报网络被彻底摧毁，他们不再被允许存在于PLANT。
71年7月29日，PLANT派出精英小队追击克莱因派的叛逃者，遭遇联合军。
混战过后，ZAFT与联合军遭受一定损失，位于“天之御柱”空间站的第三势力损失惨重。
71年9月10日，Boaz攻防战开始.。
71年9月23日，历时13天的Boaz攻防战在核弹的烟花喝彩下落幕。
9月24日，萨拉亲临要塞指挥作战，名为GENESIS的决战兵器进入最后的启动阶段，这场战争即将被创世纪的光辉画上休止符。
最后的决战开始。
最后决战时刻，萨拉开始下达一系列命令。
“ZAFT全部在Jachin-Due展开防线！”
“通告全军，ZAFT无路可退，后面便是本土。”
“PLANT生死存亡在此一战！”
“我们也应该上场了…..”
“目标Jachin-Due，全军出击！”曼陀菲尔冷笑看着眼前荧幕中绚烂的爆炸，下达着命令。
“自寻死路的家伙，真想把你们全部撕碎。”冷笑的看着自认为强大的联合军。
如果不是陛的下命令，这座偏僻落后的星系根本无用，陛下也不准备将这里纳入统治，听说陛下正在筹建庞大的战争要塞，或许可以……..
C.E.71年，9月24日，最终一战开始。
一开始，双方几乎就精锐尽出，尽一切可能，彻底的消灭对方！
因此，这场战役，注定会变得残酷无比……
联合军方面，拥有800艘战舰，10000MS／MA，排列成上下三层前后三列的作战阵型，而ZAFT方面，加上帝国方面的友军，也只有300艘战舰，4000台MS。
20：00，随着ZAFT发出第一发光束炮，决战正式开始。
双方的战舰主炮开始肆意朝敌方倾泻，光束的亮光将此片星域照耀的光彩夺目，如璀璨银河一般，却是死亡的光辉。
顷刻间数十艘战舰损毁，百余台MS/MA被击落，伤亡不断增加。
ZAFT的ACE开始突入联合军阵线内，搅乱联合机阵型，为正面战场缓解压力。
随后，在萨拉委员长的命令，一个接着一个ACE开始慢慢消失在战场。
ZAFT勉强维持着阵线，但战败之势越来越明显。
同时，联合军搭载核弹的部队绕过正面战场准备队PLANT进行核打击，此部队名为和平缔造者。
“一边高呼和平，一般拿起罪恶的武器，这可能也是罪恶的选择……”——拉克丝。
“将世界纳入陛下的统治之下，此即为和平。”——曼陀菲尔。
20：25，总部下令：“创世纪进入最终阶段，全军离开射击轨道。”
20：27，“创世纪瞄准用镜面展开，幻象化粒子系统解除，PS装甲启动。”
“你们好好看着吧人类，这一击将成为我们新人类的创世之光！”
20：30，萨拉沉声道：
“创世纪——发射！”
站在萨拉身后看着这一切的克鲁泽，笑了。
开始了，谁也无法阻止，全部都毁灭吧！
在到达设定时间的瞬间，位于创世纪镜面基座后方核爆室的864座核裂变反应炉中安装的Neutron-Jammer-Canceller启动，核裂变不到0.1秒就突破临界状态，巨大的核能放射而出，强烈的闪光从镜面中心投射孔投向位于反射塔，光能弹回镜面，转眼间汇聚成直径12km的巨大能量束，闪电似的朝战场迸射出去，强烈的干扰在星域中翻搅了好一会，阻绝了所有的言语。
数百艘战舰，数千台MS/MA，转眼间成了耀眼的光晕。
时间回到20:10，和平缔造者部队以灾难、强夺、禁断三台MS为前锋，打开通道，已接近PLANT本土到900km的发射距离。
“目标确认。“
“安全装置解除。”
“引信启动确认。”
“去死吧，宇宙怪物，为了蔚蓝澄静的世界！”
“发射！”
30枚核弹拖着长长的尾焰朝PLANT本土的殖民卫星冲去。
近百台台MS陆续出击，30枚核弹被一一击毁。
随后，这些MS向开始向和平缔造者部队发动攻击。
除了60台本土防卫警备队，其余40台MS皆为萨拉抽调的ZAFT精锐。
十分钟后，210台Peace-Maker已被消灭，而ZAFT警备队伤亡20台。
十分钟后，联合230台MS/MA剩余150台，其中灾难高达被神意高达击毁。
20：30，禁断被斩舰刀捅入驾驶舱，强夺被数发光束炮打成碎片。至此，和平缔造者部队全灭。
而ZAFT本土警备队全灭，不过抽调的精锐仅损失数台。
在经受创世纪的蹂躏后，联合军暂时撤退。
“在那里，那个东西绝对不能留着。”
阿兹拉艾尔指着位于Jachein-Aue要塞背后的巨大镜座嘶吼着。
“他们那个可是从那里也可以打到地球的怪物兵器，竟敢用这种东西，说什么旧人类的核武器，比我们野蛮多了，也不知道他们什么时候会瞄准地球，等被他们打到一切都完了！”
“我不管乱不乱来，我一定要将这个东西和PLANT毁掉。”阿兹拉艾尔有些歇斯底里。
“来自月面的补给和增援马上过来，没事的战舰再次投入总攻，抓紧进行补给和修理。”
娜塔尔低下头，然后对着通讯士下令。
“向所有联合军传达命令，所有部队以我舰为中心集结！”
“运输舰上前，把所有能够用起来的MA/MA或者其他任何战斗机器全部做好战斗准备！”
…………………………
“我军将不惜代价摧毁创世纪！”
71年9月24日21:40，Jachin-Due防卫线。
联合军安定下躁动恐慌的军心，在“保护地球”、“保卫家园”的呼声之下，以主天使号为核心所有能够战斗的部队全部集结。