避难所科技公司，原本只是政府名下的一个实验机构，他们建造的地下避难所原本只是政府为了进行一些见不得人的实验而建立的。然而，当战争真正来临的时候，这些避难所却真正的成为了最后的安全区域。人们纷纷向附近的避难所跑去，然而，随着一声惊天动地的巨响，随着蘑菇云的升起，在冲击波下的一切都已了无声息。
几百年后，在确认了地表的辐射已经趋于平稳之后，幸存的人们纷纷从地下避难所中离开，历经磨难，披荆斩棘，终于在地面建立起了他们的部落与村庄，一切似乎又回归了秩序，废土似乎也将要重获新生。
只是在这平静的和平下面，黑暗的潮水正在涌动，野心家们建立了各自的部落与军队，在这片废土上征战，废土再一次迎来了阔别百年的战争。当弱小的部落被如同蝼蚁一般消灭，而相对强大的部落在被更加强大的部落击败后成为了他们的奴隶。谁也不知道战争什么时候结束，或许，战争从未改变。
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在一个不知名的地方，一个从未被发现的地下避难所中：
“警告！警告！能源阵列发生故障！请立即离开维生仓！警告！警告！能源阵列发生故障！请立即离开维生仓！警告！警…….”她在朦胧中听到了一阵尖锐声音，当她张开双眼的时候,发现自己躺在一个类似棺材的物体里。当她想要撑起身体的时候，发现自己的双手就好像被打了麻醉剂一般毫无知觉，身体也软绵绵的。
她开始挣扎，努力的想要让自己动起来，可是都没有成功。在挣扎了许久之后，她累了，于是她开始缓缓的睡去。不知多久之后，她苏醒了，她发现自己的双脚和右手已经可以活动了。于是，她将右手放在“棺材”的边缘缓缓地支撑起了自己，然后翻出了“棺材”。
在落地的那一刻，她跪在了地上，她的双腿在漫长的岁月里已经开始无力，她必须让自己的双腿习惯自己现在的重量，哪怕现在的她并不算太重。在经历了短暂的适应后，她终于可以缓慢的、像一个老人一般蹒跚着向前方走去。她来到了一个奇怪的缺口处，发现外面是一个狭小而又漫长的通道，通道上沾满了不知名的物体，将路标上曾经的单词涂抹成了残缺的字母，只有一行“Director Office”
①依稀可见。在通道的地面上，散落着无数的弹壳，似乎在诉说着这里曾经发生过一次激烈的交火。
她随着通道继续向前走，发现了一具已经风化成为了骷髅的尸体，在尸体边上还留着一把已经破破烂烂的似乎随时都要损坏的小刀，上面那风干的血迹，似乎在向她证明它也曾痛饮过敌人的血。她将它拿在手里，就好像它能给她带来安全感似的。
在通道的尽头，是一扇紧闭的钢铁滑门。她慢慢的走过去，在她的手即将碰到大门的时候，门忽然开了，映入她眼帘的赫然又是一具骷髅。当她进入房间的时候，背后的门突然关闭了，她本能的想要打开这扇大门，却发现大门纹丝不动。于是，她转身环顾起了房间内的布置，在一阵翻找和敲敲打打之后。
突然，在一阵奇怪的响声之后，骷髅在一阵颤动中滑落在地上，同时它原先所趴伏的弧形桌子则缓缓地升了起来，露出了下面的密道，而这条密道的底部黑漆漆的，似乎它就是通向深渊的道路。
她缓缓地，坚定地走了下去，在她向下走的同时，一盏盏灯开始逐渐明亮起来，渐渐地，一条与之前截然不同的，好似由圣光铺就的道路浮现在她的脚下。她好似没有看到一般，依旧迈着缓慢而又坚定的步伐继续前进。
终于，一扇巨大而又坚实的金属门挡住了，在门的边上安装着一个密码锁。她缓缓地走上前，脑海中突然出现了一个号码：“120317”，于是，她开始尝试输入这串数字，果不其然，门开了。
她推开门，门的后面是一台巨大的中央处理器，上面还链接着一个键盘与一个内置式的终端机，她走到终端机的旁边，开启了它，在一小段的黑屏之后，终端机终于运作了起来。她打开了系统的居民文档，以希望能找到她是谁。因为，在她苏醒之后，她发现自己虽然还记得一些避难所中的常识与一些经历，但她还是失去了一些记忆，其中就包括她的名字以及她为什么会在那个维生仓里。
然而在翻阅了许久之后，她失望的发现，在整个避难所的居民档案中并没有她的资料，哪怕是一点点相关的信息都没有。她犹豫了一会，还是把手伸向了避难所主机的电源开关。在她残存的记忆里，避难所的主机似乎曾经出现过一次大事故，避难所里死了不少人，最终所有人投票决定了将避难所主机关闭的要求。
于是，曾经在工作了几百年之后，避难所主机被住在它体内的居民关闭了。而现在，她打算重启这个主机，因为副机似乎在她沉睡的时候被水淹没了，虽然还能用，但她并没有找到潜水设备。
在一声轻微的“滴”声之后，避难所主机终于重新启动，许多副机因为运行内存不够而停掉的设备也开始缓缓地运行起来。在屏幕轻微晃动了几下之后，一个由数码组成的脸浮现在她的眼前。
她吃惊的睁大了双眼，因为她竟然听到那张脸对她说话了：“你好，避难所居民，我是591避难所的主机，请问你有什么需要我的帮助吗？......请不要惊讶，因为我已经产生了自己的意识。”
①监督室。几乎每个避难所监督室的下面都有密道，这也成了辐射系列的特色之一