不可思议的世界：任天堂游戏，口袋妖怪时·暗·空之探险队所在的世界（空之探险队是时暗探险队的补完，就像红宝石蓝宝石与绿宝石，珍珠钻石与白金的关系）。也是主角所出生的世界。本世界的时间段主要分为和平和星之停止两大阶段。星之停止就是夜魔人，森林蜥蜴，雪拉比，皮卡丘所在的时间段，而利欧路则是处于和平接近星之停止的时间段。游戏开始会进行答题来确定玩家所变成的口袋妖怪，本文为皮卡丘。进行主角确定后还会进行搭档的确定，本文为利欧路。
不可思议的迷宫：是一种登场于不可思议迷宫系列的与副本相似的一种地点。不可思议的迷宫由于某些原因，由天然形成后成为的一种包含了楼梯、陷阱、道具以及秘密集市等等等等的迷宫。这种迷宫内部十分复杂，并且每一次来到迷宫内部的地形都会有所变化。迷宫内有很多的野生的神奇宝贝，救助队或探险队可以在打败他们后由神奇宝贝的意见而招募他们，令他们成为玩家的救助队或探险队的一员。星之停止发生后小精灵们所有生活的物品也都必须从迷宫中获得，导致生活极为艰难。
时之齿轮：非常重要的文物。它们是一种发出翠绿色淡淡的光芒的具有神秘能量的齿轮状石块。时之齿轮控制的是不可思议的世界的时间流程，只要有时之齿轮的力量存在于这个世界之上，这个世界的时间就会正常运转。就连这个世界上最为凶恶的通缉犯也心知肚明，绝对不去随意对时之齿轮动手，因为这是在干傻事，以免这一大块地区适当而又平静的时间流动被打乱。然而，在时之探险队·暗之探险队·空之探险队中的第一轮游戏的主线剧情当中，一位异常神秘的小偷开始前去盗取时之齿轮，造成这些地区的时间运转混乱。尽管如此，这位盗贼仍然继续去偷盗时之齿轮。守护着整个世界的五个时之齿轮的其中三颗临近湖边的保卫者是湖中的传说宝可梦；另外一颗是由百变怪看守；最后一颗位于木崎森林，没有任何人看守这颗时之齿轮。
而本文中的时之齿轮略有不同。不知如何出现，也不知是谁制造的东西，是用来维持地区的时间，具体数目没有任何人清楚。而当时之齿轮离开所在地区之时就会发生时间的停止，也就是小范围的星之停止。只有在非星之停止发生的时候再次将时之齿轮按上或者将五枚时之齿轮安放到时限之塔塔顶上才能恢复。另外本书中时之齿轮还关系时间与空间的平衡，多了少了都会影响世界的平衡。少了的话探险队世界就会发生时限之塔的崩塌从而造成星之停止。多了的话世界的时间就会发生一定的扭曲，从而造成时间和空间的紊乱，到最后甚至会造成时空的崩坏，导致平行世界发生紊乱，交错。
星之停止：不知从何时开始，风儿不再吹动，露水不会滑落，植物停止生长……这些可怕的事情将不止是区域性的，到时候世界上的一切都会停止。当帝牙卢卡所在的时限之塔开始崩塌之时，就会发生星之停止，便是所有的时间都会停止。解决方法只有在星之停止没有完全发生之前将五枚时之齿轮安放到时限之塔塔顶上才能恢复。另外本书中星之停止的发生还会使得小精灵在各方面的体能达到巅峰后再也无法进步（当然了，也有特殊情况），失去了自由和未来。
时限之塔：时间之神帝牙卢卡所住的地方，塔顶可以安放五枚时之齿轮。当时限之塔崩塌之时就是星之停止的开始，而帝牙卢卡也会变成黑暗迪亚卢卡失去理智。
时间长廊：不可思议世界的雪拉比如果进行小范围的窜梭时间只靠自己的力量就能完成，但要是进行大范围的时间穿越就需要借助时间长廊的帮助。
幻之大地：时限之塔所在的位置，是传说中的存在。只有被选定的小精灵才能借助乘龙的帮助到达那里。本文中幻之大地就是帝牙卢卡的空间。
彩虹石舟：幻之大地连通时限之塔的交通工具，需要遗迹之石才能开启。
遗迹之石：游戏搭档中所拥有的宝物，没有人知道它的来历。本文中遗迹之石在利欧路手中，在开启彩虹石舟的时候用掉了。
胖可丁公会：空之探险队中主角们所在的公会，主角在一周目中是作为工会的学徒，房间（存档位置）在学徒房间的最里面。二周目从公会毕业后主角们的房间（存档位置）会改成之前一周目中出现过的巨牙鲨悬崖。公会里有许多的学徒，其中胖可丁是公会会长，聒噪鸟（音符鹦鹉）是副会长，其他的如风铃铃，吼爆弹，向日花怪，龙虾小兵，不良蛙，地鼠，三地鼠，大牙狸（龅牙狸），还有主角和搭档都是公会的学徒（不知道有没有落掉的）。其中主角和搭档是最晚加入公会的，所以公会的所有人都算是他们的前辈。至于公会成员们空之探险队的特殊剧情中就有关于有大牙狸（龅牙狸），胖可丁，向日花怪的事情。其中特殊剧情1中大牙狸（龅牙狸）最后向基拉祈许愿想要有两个亲爱的后辈，也就是我们的主角和搭档了。
探险队：是一个在神奇宝贝不可思议的迷宫系列游戏当中的游戏设定。探险队是由2个或者更多的神奇宝贝组成的一支队伍，他们通常由师徒、友人组成，其中志同道合的朋友们通常会来到探险公会进行修行。从公会毕业后，他们会成为一支独立的探险队。探险队通常的任务是上刀山下火海，他们会从通告栏中完成任务，或者是逮捕通缉犯。而平常时刻，探险队尤如其名，会到各个不可思议的迷宫进行探险，遵循传说寻找迷宫中的宝藏，挑战镇守迷宫的最终头领等等。当然，有一些探险队也是专门做尽恶事的探险队，例如毒髅探险队、坏孩子探险队，他们也有可能会从而演变成通缉犯等等。
光之泉：是游戏中的一个地点，位于神秘森林最深处，但也可以直接从十字路口出发到达。神奇宝贝满足进化条件后可以来到这里进化。这里在从胖可丁公会毕业之前无法进入。因为时空扭曲，光之泉曾一度无法让神奇宝贝进化，当主角和搭档改变了未来，让时间重回正轨后，这里又恢复了进化的能力。然而，由于主角和搭档曾经穿越时空，它们要过一段时间直到到身上的时空扭曲完全消除后（也就是主线剧情即为二周目完结，玛纳霏回归之后），才能进化。
宝藏镇：宝藏镇是时·暗·空之探险队中的一个完全由宝可梦建立和经营的中心城镇，包含变隐龙商店（贩卖道具）、夜骷颅银行（存取钱）、袋兽阿姨仓库（存取道具）、电击魔兽连接店（链接、忘记、回忆技能）、嘎啦嘎啦道场（训练对战）、吉利蛋育蛋铺（孵蛋）、天然鸟鉴定（鉴定宝箱）诸多功能。
巨牙鲨岩：位于宝藏镇西方，因形状像巨牙鲨而得名。公会成员三地鼠常常在此处向大海倾诉。这里也是；利欧路的秘密基地。在从未来返回后，皮卡丘、利欧路和森林蜥蜴暂住于此地。随着剧情发展，这里最终会成为从公会毕业后的口袋之友探险队的基地。
黑森林：星之停止后的一处地点，极有可能就是曾经的木崎森林。是雪拉比（本书主角）生活的地方。其内部更是有着一处时间长廊。皮卡丘利欧路和森林蜥蜴就是靠这里回到了曾经的时间，以阻止星之停止。