密斯塔尔希亚，人、神、魔共同生活在一起的奇幻世界。
最终人、神、魔放下之间的矛盾不得已站在了同一阵线，作出了巨大的牺牲后，神王宙斯和魔王撒旦在最后的决战中，暂时封印了巴哈姆特。而神王宙斯和魔王撒旦共同化为封印巴哈姆特的钥匙——神之匙。
两千年之后，世界一如既往的和平安宁，龙神巴哈姆特已经变成了传说中的故事，神话，作为一种象征畏惧崇拜，但在人世间，已经没有巴哈姆特痕迹存在，
神与魔之间分别保存着各自的钥匙，相安无事的度过了这两千年，直到在某一天，一位少女在守卫严密的情况下，偷走了神族的神之匙，《巴哈姆特之怒》的故事就此拉开序幕。
正时四大天使之一的米迦勒降下神谕，让率领王都直属的奥尔雷安骑士团的圣女贞德 ·达鲁克令人找到并带回阿米拉。突如其来的通缉与屁股生出的恶魔尾巴，不得不让法瓦罗带着阿米拉踏上了前往极北之地，海伦海姆的道路。
一路上法瓦罗以阿米拉半恶魔的强大力量，顺便让自己赚取赏金，在两百年前被魔物毁灭的城市涅贝尔维尔，遇上了一年到头只想干掉自己的曾经挚友凯撒，还有两百年前接触到黑暗圣典并成为死灵法师的小女孩莉塔。一系列的变故下，就在凯撒即将斩杀莉塔已经变成僵尸的父母时，为了守护两百年前双亲的尸体莉塔停止了念咒，却不小心放松了魔法力度，被身后的双亲咬死，之后变成僵尸跟随着凯撒追杀法瓦罗展开了旅程。
在舍弃赏金猎人这一身份后，在赏金猎人首领巴克科斯的帮助下，法瓦罗和莉塔正大光明的潜入了恶魔阿撒兹勒的飞行船里，与凯撒死战又暂度和解后，圣女贞德带领骑士团到来，击沉了天空中的恶魔飞行船，恶魔阿撒兹勒出现想带走阿米拉身上的神之匙，但被阿米拉身上不知名的力量击退，之后骑士团带走了一行人。
回到王都之后，三大天使降临，下达了把阿米拉四人软禁在王都的命令。在晚上其他三人在参加王宫宫廷的宴会，而无法前往海伦海姆寻找母亲的阿米拉独自一人在房间里伤心流泪，这时自称阿米拉父亲的男人出现了。
并在此时，阿撒兹勒带领魔族军队来袭，攻击王都想要夺回神之匙并一雪耻辱。在正面魔族大军的进攻下，阿撒兹勒潜入了王都，找到了法瓦罗一行人，交战之下凯撒才得知父亲真正的仇人是阿撒兹勒，而在凯撒的掩护下贞德使用神枪马尔特一举击败了阿撒兹勒。
魔族大军被击退后，贞德谢绝了国王的封赏并请求赐封法瓦罗和凯撒为骑士。
晚上被封为骑士的法瓦罗带着阿米拉和莉塔见到了自称为阿米拉父亲的人，拉瓦雷。这个男人是贞德的左右手，担任奥尔雷安骑士团副官的骑士。
从拉瓦雷口中得知阿米拉的母亲，天使妮可生下了半恶魔半天使的阿米拉后被驱逐下界，而拉瓦雷正是作为天使护卫的一员。但在某天还处在婴儿的阿米拉被一个强大的恶魔别西卜带走，而天使妮可为了寻找女儿阿米拉前往了极北之地海伦海姆。五年后在大恶魔别西卜幕后引导下，阿米拉被告知了得到神之匙就能前往海伦海姆寻找母亲，从而引发了一系列事。
阿米拉和法瓦罗在拉瓦雷的帮助下从王都下水道逃走，这时魔族大军再次来袭，国王的护卫骑士被人杀害嫁祸于贞德，圣女贞德被押入牢房，将要作为魔女来处以火刑。
而逃离了王都后，法瓦罗和阿米拉两人走到了一个森林，这时凯撒听从拉瓦雷的指令带着一队人马来追赶两人，之后因为阿米拉身上的神之匙的反应，三人被传送到了一个奇幻的森林中。法瓦罗拔出了一根其他两人都无法拔出的刺后，被这根巴哈姆特的刺所伤痛苦了两千年的世界观测者出现了。它告知三人，因为神之匙的关系，阿米拉已经是解开巴哈姆特封印的钥匙，如果让巴哈姆特解除封印，世界定将毁灭，为了阻止这些，要么让阿米拉永远待着这个森林，要么只能死去。
……
zero坐在沙发上翘着腿，眼睛盯着大大的屏幕，小巧的嘴里含着一根长长的pocky，灵巧嫩红的舌头舔着硬硬的饼干，吸吮着甜甜的黑色巧克力，浓郁的味道回味在口腔里……
其他人都前往了正义联盟世界，要三天的时间，也就是72小时才能回来，留下zero一人待在主神空间里。在过了一会儿无聊的时间后，zero放起了杰哥弄出来的《巴哈姆特之怒》。