联邦科学院主要由8个子院系构成
Math数学
Energy-power能源与动力
Bio生命科学
environment环境
Physics物理
Info信息技术
Society社会
Engineering工程
各个院系下辖若干学会，包括但不限于：
数学院：基础数学会，应用数学会，计算数学会。
能源院：电磁学会，核子学会，转化学会，通用能源学会
生命科学院包括：基因学会，泰伦学会，植物学会，合成学会，进化学会，异能学会，电子生命学会，药物学会，异生命体学会
环境院：海洋学会，大气学会，地质学会，再生学会，外层空间学会，超空间学会
物理院：基本物理学会，化学学会，暗能量及暗物质学会，相位学会，反物质学会，力学学会，辐射学会，新材料学会，超空间物理学会。
工程院：土建学会，太空建筑学会，地矿学会，规划学会，轻工学会，兵器学会，机械设计学会，工程力学，材料学会，电气学会
联邦科学院之所以各下属部门是学会，就是因为它是为科学界整体服务，作为科学交流汇总的平台而产生的，科研部不仅仅是纯粹科研机构，还肩负着组织，协调，管理学术各界的任务。
同时，联邦鼓励民间开发和官民合作，很多科研成果皆出于民间。