光之神与暗之神同归于尽，魔法少女及怪人组织巴别塔出现于人们视野中后八年，双方之间的战斗天平终于倾斜。十三吉祥物之一所在的B市被巴别塔所毁灭，除魔法少女虞美人之外的B市魔法少女全员阵亡。失去一切的虞美人于N市中苏醒，并于绝望之中邂逅了新手魔法少女百合.......围绕着两人展开的非正统魔法少女故事就此开始！