魔女岛事件结束后，原本在魔女岛的魔女都回到了各自的生活中。

二阶堂希罗和樱羽艾玛回到了各自的高中，带着对过往的羁绊和未来的期许，开始了两人的高中生活。

莲见蕾雅回到了现代社会，继续她身为歌手的事业，在万众瞩目的舞台上迎接未来。

黑部奈叶香、宝生玛格、夏目安安、城崎诺亚与远野汉娜留在了魔女岛，与从沉睡中醒来的魔女共同生活着。

橘雪莉为了纪念在魔女岛上的一切，在那之后创办了自己的侦探事务所，开始周游世界，去收集历史上有关魔女一族留下的痕迹。

佐伯米莉亚与紫藤亚里沙则在京都开了一家小餐馆，两人过着平静的生活。

不管是离开魔女岛的少女，还是选择留下的少女，都在为所经历的种种，以及牺牲自己的月代雪真心祈愿。

然而某一天，魔女岛的一间地下室里，爆发出了神秘的光芒……全世界的魔女因子在这一天恢复了。

一位新的大魔女重现在世间。

魔女审判，再次开庭。