重生到了EVA世界，碇真嗣刚想高声宣告：这个世界需要英雄，但很快他就察觉到了不对。

在这个世界，母亲碇唯并没有死，只是和父亲碇源堂不合，并且这个世界也没有第三新东京与使徒的存在。

绫波丽也不再是克隆体而是活生生的人，明日香也变成了他的青梅竹马，可以说…这简直就是一个十分美满的世界，只不过，他的母亲碇唯有一个奇怪的爱好，那便是弹初号机配色的吉他。

……

直到2016年后美满的一切才被打破，使徒的降临，给全世界带来了恐慌。

为了保护自己心爱的人，碇真嗣只好回想起来刚穿越时的梦想：“这个世界需要英雄！”

碇—司令—唯也是大手一挥：“人类……战胜使徒计划，开始！”