UC 0088年，格里普斯战役的硝烟散尽。尽管获得了最终的胜利，但是遭受了巨大损失的奥古也元气大伤。奥古的王牌机师，卡缪·比丹由于战争所带来的创伤不得不在月面都市进行疗养，而阿姆罗·雷则被拉拉的灵魂所困扰。

于是，奥古的三巨头之一，“赤色彗星”夏亚·阿兹纳布尔决定站出来，成为偶……成为总统！

他以戴肯之子、奥古英雄之名步入政坛，誓要从联邦内部点燃改革的火焰。然而，政治的泥沼远比战场更加凶险。为了获得足以颠覆旧世界秩序的终极王牌，夏亚将目光投向了那个被历史尘封的禁忌——拉普拉斯之盒。

年轻的机师冯恩·尤利塞斯，一位对“新人类”传闻不甚相信的务实军人，因其在战争中展露的直觉，被夏亚选中成为寻找这把潘多拉魔盒钥匙的执行者。

夏亚：计画通り！