现代顶尖学府生态系博士研究生苏瑶，在参与深海生态考察项目时，因意外触碰神秘古物陷入时空漩涡，穿越至海贼王世界的伟大航路起点。苏醒后的她发现自己身处一艘正在沉没的商船残骸，身边漂浮着记载古代生态文献的羊皮卷。在被海浪冲上海贼船后，苏瑶凭借生态知识敏锐察觉海贼船上的食物变质问题，巧妙化解船员食物中毒危机，却也因此被海贼团首领盯上。恰逢此时，草帽海贼团途经此地，苏瑶与路飞等人相遇，开启了融合生态科学与热血冒险的壮阔征程。