东京地方，历来超自然现象数不胜数，是非曲直，难以论说。

而科学家，尤其是特摄作品中的科学家，其往往具备着能够化腐朽为神奇，不时就能拿出使人惊掉下巴的“妙妙工具”的神秘能力。

穿越东京，得到了《全骑士系统知识百科·精编修订版》的林科只想在这个表面上和平，但实际上怪人横行的世界里好好去做自己的研究，以此来得到一些自保的力量。

而在研究的过程中，随着骑士系统数量的增加，各个假面骑士也开始活跃在了对抗怪人的第一线。

同时，有一天，他发现自己的地下室出不去了...