宇宙因为鹿目圆香的愿望重组以后又有了新的秩序。

人类的世界不再会有魔女的诞生，取而代之的是由人类负能量以及幽魂所产生的超自然生物‘魔兽’威胁人类社会。

火宫兄妹因为一场奇怪的意外事故失去了双亲，哥哥薰从警校毕业后的因派遣任职带着妹妹优梦搬到了见泷源。然而安定的生活没有就此到来，火宫薰在勘察凶案现场时遭到魔兽袭击不幸遇难，为了挽救即将死去的哥哥，优梦下定决心向神秘的宇宙生物‘丘比’签订契约，成为魔法少女来挽救哥哥的生命。从而背负起消灭威胁人类社会‘魔兽’的使命。