长期不在家的五河夫妇交待了士道和琴里有一名来自东方的神秘青年来到了五河士道家中借住度过学业。

在春假结束的隔天———四月十日青年如约而至。然而，在上课期间却响起了空间震的警报，士道为了确认妹妹的安全冲向了危险之中。

而在一阵突如其来的冲击波之下，街道消失的无影无踪，除了命运中注定相遇的“精灵”少女，士道还遇见了一位拥有神魔般力量的男子！