因为平行世界遥远时空的魔神王投放向各个时代的圣杯，1999年将要败北的根源女皇与“兽”得到了达成愿望的机会。

1991年东京圣杯战争中，本来应该死去的平凡青年来野巽被改变了自身的命运，觉醒兽之力的他击败所有对手，从此陷入了无止境的圣杯战争之中。