《鸢之歌》描绘了一个被神秘怪物”仆从“所毁灭的世界，绝大部分人类因“仆从”和其引发的“雪花感染”而死去。某日，江中城唯一的幸存者少女九玖，偶遇了来自城外幸存者营地的天才科学家少女林楠，故事由此展开。