来自于幻想乡的魔理沙，在某天竟然意外超越到了另一个平行世界的幻想乡，这里是她所处时代的四百年后，早已物是人非。

幻想乡内高耸的大楼，城市中来来往往的车辆，新一代的博丽巫女，都于她认知中的毫不相同。

为了找到返回自己世界的路，魔理沙下定决心决定在这个世界不断的变强。

而同时，来自于这个世界本来就将发生的异变也接踵而至。