禹王姒文命的父亲为了从毁灭世界的大洪水中拯救人类，从众神处窃取了被称之为“万能愿望机”的【天之圣杯】，他利用圣杯的涌出的黑泥制造出了能够无限增殖的息壤。然而圣杯总是以扭曲的形式实现持有者的愿望，最终酿成了更大的灾难。

这是人类和众神分道扬镳的时代，众神降下预言，大禹的儿子将会成为“神代的终结者”，他将会和神明签订契约，成为神明的使徒，在命运的暗中指引下，卷入了神代最后的【圣杯战争】！