神田雨龙是在第三新东京市就读的一名高三年级的学生，但其真实的身份是秘银组织（出自全金属狂潮）的一名卧底，其任务是调查新东京市的NREV组织（出自EVA），并在此期间相识了NERV中驾驶EVA的三名机师。而随着任务进行了一年多的时间却没有什么进展，神田雨龙的卧底工作也由上级叫停，给予了他一段平静的校园生活。然而，这接下来的校园生活却并没有如此的平静，新的危机，新的相遇，新的命运正在等待着他。