十年前，入侵地球的邪灵被魔法少女们打败了——但魔法少女们并没有消失。留给人类的是一个满目疮痍、并且存在着魔法少女的世界。

拥有了魔法的少女们成为了新的变数：世界各国将魔法少女视作新的战略武器，迫不及待地想将其夺取；而魔法少女们为了自保，在大海深处建立了属于魔法少女的城市：彼岸城。

人类与魔法少女间的脆弱平衡终于在击败邪灵的十年后打破了。这一年，有两位来自孤儿院的女孩成为了魔法少女。