几位指挥官与舰娘们为保卫人类同强大的塞壬作战。

直到有一天.......他们得知了塞壬的来历，她们是大自然的使者，因地球生态破坏而出现。

但不能因为这样就任她们伤及无辜，碧蓝航线依然要与塞壬作战，为了保护人类。