失业的婴宁踏上了回家乡的路途，在公路上行驶时不慎掉入异世界的空间，在那里，他邂逅了少女系恋，并被要求在名为时间事务所的地方帮助他人实现12个愿望才能回到现实。

在异世界与人类，妖怪，神灵的交流中，婴宁的心智也逐渐改变着。