N.E.2003年，世界各地的科研组在命名为「SEKAI」的奇幻空间探索中得以研究出新世纪能源=「Nova Energy」广泛运用在社会后……

以隐藏在世界中的“邪恶意志”通过入侵「SEKAI」创造出各种不可名状般生物——「闇」对全宇宙发起了侵略行动！

以东生梦寻博士为首的科学家残党们决定再一次联合音之世界「Vanaheim」所建立起秘密结社「VOCALOID」，

并开发出「Rider System」与之进行长达数年的对抗，故事就此展开。