在总人口230万人的学园都市中，按照超能力等级，学生们被分为了LEVEL0至LEVEL5的不同等级

而作为LEVEL5之一的御坂美琴，却与某LEVEL0的刺猬头少年纠缠不清

然而，两人各自近乎平行线的生活，却在被一连串暗中逼近的阴谋所笼罩，这个世界的时间早已因为某人的到来而被篡改。

一双来自完全不同世界的眼睛，已经从幕后盯上了御坂美琴····

上条当麻的拯救之旅，再次开启。