在近未来的人类世界，某一天，人类惊恐地发现舰船无法在海面上航行，一切的无机物都会被大海吞没。战舰集群的时代终已成为历史，将少女之姿和战舰火力相结合的舰娘技术登上世界舞台。凭借这项技术，四大势力迅速崛起，世界又重新获得相对稳定的秩序，四大势力在相互制衡中维持着表面的“和平”。

平静的表象之下暗潮汹涌，各地的部分舰娘出现原因不明的异变，各个势力对此讳莫如深。他们称出现不明现象的舰娘为【来自深渊的妖怪】。人类对这些异类的舰娘看法不尽相同……用尽了一切手段而活下来的异变体舰娘们身体已经千疮百孔，为了在这残酷的世界生存下去，她们建立了黯潮组织，去谋求最后一丝生机。

而我们的主人公------舰娘克利夫兰号轻型巡洋舰就此开始了她生命活动历程中最难忘的一段经历…