由人变成了光的羽生耀在与艾克斯奥特曼为了迎战超时空凶兽迪萨斯特罗前往宇宙，没曾想在月球附近遭遇了陷阱。穿越了虫洞终于抵达虫洞彼方的羽生耀看见的是暴走的巨大光之巨人。

　　于是，第二次冲击出现了两个光之巨人。

　　为了找到第二次冲击的真相羽生耀留在了EVA的世界。

　　15年后，

　　在光的引导下，

　　勇敢的少年少女啊，快去创造奇迹吧。

　　“耀，就由我来保护！！！”

　　“对不起，明日香，其实……我是光——！”