1944年9月，在以第501统合战斗航空团“强袭魔女（Strike Witches）”为中心的联合军活跃之下，高卢共和国上空的涅洛伊巢穴消灭，欧洲西部的安全得到了确保。

以此为机，联合军开始正式计划对欧洲中央方面的反击作战。

而突然在北海上空出现的涅洛伊巢穴，严重威胁着作为联合军后方基地的不列颠尼亚的安全。

为了对付突然出现的涅洛伊巢穴，联合军北海军事基地“阿瓦隆（Avalon）”，新设立的联合军第513统合战斗航空团“英勇魔女（HEROUC WITCHES)”也被下达了出击的命令。

背负人类的希望，英勇的魔女们，在辽阔的天空下作战。