自蒙奇•D•路飞成为海贼王之后已经过去了数十年，整个世界发生了巨大的变化。旧政府倒台，被抹除的国家再度出现，探险家、寻宝人、考古学家等新兴职人涌入大海，这是比大海贼时代更加激昂的时代。然而，黑暗的阴影仍未退去，有人想恢复故国的荣光，有人想恢复贵族的荣耀，还有人想要让世界退回大海贼时代去。

海贼世界的土著少年里昂，为了寻找失踪亲人，成为了海军不断变强。可身世之谜，让他不断卷入阴谋的漩涡。然而事实上并非他搅动了世界，是世界一直绕着他转。