这是怪兽、宇宙人和奥特曼已经很少出现在地球的时间。

不过黑暗中的敌人一直都在暗中窥视着地球，一股不寻常的波动使宇宙人们纷纷逃离地球、怪兽频繁的苏醒以及奥特曼的到来。

库洛斯奥特曼作为雷欧奥特曼的弟子，在接手前往地球勘察的途中遇到从来没有见过的怪兽独自一人迎击。

最终还是无法阻止其前往地球。

地球上的应对组织——帕拉德（Palard），一位战斗成员武井裕斗在面对怪兽的战斗里与库洛斯奥特曼相遇，两人结合为一体开始进行消灭怪兽的故事。