故事发生在Fate Extra的平行世界。公元2040年，名为薇尔普莉的地球人类开发出灵子网络游戏软件“Bane(灾星/祸根)”，玩家们通过用灵子技术将精神连接到灵子网络，便可在虚拟世界中展开一场名为“圣杯战争”的战斗，但是当90000名玩家们登录灵子虚构世界时，名为Voidcell的游戏中枢管理器开始召唤出影从者对玩家们进行杀戮选拔，意在选出7名适格者成为御主展开圣杯战争，一系列的杀戮之后，18岁的风间晓喻与17岁的恋人夏庭昭失散，并成为籍由Bug所产生的第八名从者Ruler尤瑟·潘德拉贡的御主。为争夺传说中魔力达量到星球级别的超级计算器——虚无晶体Voidcell而战斗。至此，灾星圣杯战争就此开幕。