宝可梦世界，神奥地区的真砂镇上。年满十岁的小红和小航，作为新人训练家互相竞争展开旅。伴随他们一起成长的过程，除一位又一位宝可梦训练家，和一位又一位协调训练家，还有一位又一位强大的道馆首领外。还有喜欢把实力深不可测的传说宝可梦们，力量据为己有的神秘地下组织时空团。

小红的梦想是成为冠军，这段旅程中，小红能否打倒一个又一个强大的道馆首领，在神奥大会中最终脱颖而出。从而获得挑战传说中四大天王，和神奥地区冠军希罗娜小姐的机会呢？

小红最终究竟能不能粉碎时空团甚至可能毁灭整个世界的计划？究竟可不可以击碎希罗娜小姐的不败金身，就让我们擦亮眼睛，拭目以待吧…