在战争爆发的年代中，圣雷亚特学园开发了全新武器概念‘影’，主人公的父母在其小时因战乱而亡，无助的他被一位先生收养，先生的女儿即他的青梅竹马给予了他姓名“樱”。但好景不长。

先生一家被恐怖组织盯上，在一次樱出门时，先生一家遇害，樱的青梅竹马秋雪战斗，在这次袭击中消失。伤心欲绝的樱决定寻找青梅竹马，在一次救助他人时被发现是‘影’的适应体并收到了圣雷亚特学园的邀请函。两年后‘樱’进入学园。

踏上了寻找青梅竹马的旅途。