故事的舞台来到了学园都市，由两位少女侦探变身而成的假面骑士W，继续与隐藏在城市深处的阴谋战斗着，不过，取代了那具有特色的风的，是学园都市的特色，超能力者们，对手不仅仅是Dopant，还有来自不同学院的超能力者们也参与其中。

“喜闻乐见的美少女骑士娘啊，这一来，你还有与魔女为伍的勇气嘛？”

“那这一次就到那古堡的尽头，搭档。”

两人将手臂摆成了V字的形状，站到一起，就像W一样。

“因为我们是二人一体的假面骑士，W啊。”

【Cyclone！Joker！】

“撒，来细数你的罪恶吧！”