“感染”，一种由僵脑原虫所引起的全球性大灾变。

“容器”，一批由“扶桑树”所培养出的，用于对抗“感染”的少女。

公元21世纪中叶，以亚洲为起点，爆发了一场空前绝后的炽天使级感染，那也是人类史上的第一次感染事件。

在短短的5个月内，人类文明几乎毁灭，全球人口骤减至不足千人。

亿万年后，重新建立起新文明的人类，或许早已忘记了当初的那场噩梦。

新历33万7千年，随着发生在千岛市中心的一场主天使级感染，沉寂了亿万年的少女们，终于奉命出击！