延续前作泉此方三部曲的剧情，在泉此方叛逆事件之后，红凯与艾克斯留在了这个世界继续调查崩坏的存在，前者赶赴长空市寻找线索，后者则进入了天命的数据库搜寻资料。而另一边泉此方也意识到崩坏正在蠢蠢欲动，而暗中展开了行动。