Alter组织是一个活跃于各国的组织，在发现了黑之圣杯的秘密之后，秘密搜寻拥有灵基的人进行反转试验。

幼年的唐泰斯二世，在这个组织中受到了大量的实验，直到被名叫龙马的侦探救出，并一直生活在一起。并为它取了坂本翔太郎这个名字。

翔太郎因受侦探龙马的影响，一同走上了侦探的道路。在翔太郎被送到龙马的好友埃尔梅罗二世那里学习的第二年，侦探龙马不知所踪。

第三年，翔太郎在埃尔梅罗教室毕业，与其搭档，拥有福尔摩斯灵基的雪之下雪乃一同返回了霓虹的千叶，追寻Alter组织的消息。

在埃尔梅罗教室就被称为best match的二人组的故事也在此展开。