2020年，人类中出现了能感应并可以直接用意念操纵机械的个体，而她们无一例外均为女性。各国迅速意识到该种个体的战略意义，并将其招募进军队用于操纵坦克战舰等大型战争机器。原本需要数人甚至数百人才能正常运作的钢铁巨兽现仅由一人便可以操作，这大大提升了战争机器的威力。后来由于这种个体的稀有性，她们几乎全部被用于操作相对更为复杂的战舰，受到流行游戏的影响，这些以战舰番号为姓名的少女便被称为“舰娘”。

三战不出意外的因舰娘的出现而迅速爆发了，以海战为主的三战几乎完全成为了舰娘和她们的指挥官的舞台。

最终三战以各国的互相妥协的方式结束了。但和平并没有持续太长时间，被称为"斯库拉"的金属怪物从深海之中悄然出现了，她们来自于另一个发达世界，只为毁灭而降临于这个世界。

斯库拉的强大远超人们的想象，大部分海域迅速沦陷为斯库拉的巢穴。原三战指挥官的言白便在此背景下受联合政府邀请，加入了这场生存之战…