舰娘，那是至今为止已经在人类历史中活跃了几百年的海洋霸王。

不知道从什么时候开始，人类之中诞生了极少数被大海祝福的女孩子，她们能够不借助任何装备在海上徒步前行，并且拥有远超过常人的能力，被人们视若神明的使者。

二战后，人类世界出现了名叫“塞壬”的生物，他们试图毁灭人类的海洋霸权。

为了抵抗“塞壬”舰队，人类建立了名叫“碧蓝航线”的组织，指挥全世界各国舰娘。

而故事就是从这里开始。