希亚帝国分崩离析后的第三年，人们逐渐摆脱战争带来的阴影，在南部联盟统治下着手重建南陆的秩序。

在阿卡迪亚炼金院里以性情乖僻著称，向来独来独往的大龄剩女炼金术士西尔维娅，突然被告知要接受三位弟子？

乖巧可爱身材娇小的半精灵少女，被迫女装的跷家贵族青年，还有一位来自云上的古典法师少女在毫不知情的情况下和他们的导师一同成为了一个庞大计划中的一部分。

南陆尽头广袤的黑森林，隐没在云海回廊中的高塔，幽邃的地下世界，古代炼金术师建造的另一座炼金都市……知识与力量，财富与名声，自由的未来，还有魔潮退去的真相。年轻的炼金术士们为了各自的追求组成了一个以探索秘境为目的的冒险团——秘境希格露恩。