幻想乡毁灭了，结界崩塌了下来。没有人知道为什么，至少琪露诺不知道。琪露诺只知道自己被友人大妖精带到了一个山洞里躲过了危机。而大妖精却要离开了，去哪琪露诺也不知道，只是约定好在大妖精回来以前留在山洞里等大妖精，就这样过去了很久很久。

总之，琪露诺从山洞里走了出来，决定靠着自己去寻找大妖精。

围绕着寻找大妖精的路上，琪露诺去了曾经的红魔馆，曾经的永远亭，曾经的魔法森林，曾经的……

一切的一切都和以前不一样了。然而琪露诺要面对的，是更加沉重的真相。