宇宙世纪0082年，距离0079年地球联邦与吉翁公国之间进行的一年战争结束第三个年头，当初突入地球的公国军残党依旧没有完全消灭。

从月球的医院康复后，前往地球进行非洲吉翁残党扫荡作战的地球联邦军少尉乔尼·毛瑟，遇上了所属不明的独眼高机动型的机动战士。而它的驾驶者，则是残党军戴武·乔纳森……