宇宙因为鹿目圆香的愿望重组以后又有了新的秩序。

人类的世界不再会有魔女的诞生，取而代之的是由人类负能量以及幽魂所产生的超自然生物‘魔兽’危害人类社会。

五代兄妹因为一场奇怪的意外事故失去了双亲，哥哥五代仁因为家庭的经济问题决定从东京搬到见泷源，打算在此地暂住几年。

五代优在学校内经历了一次奇妙的邂逅了同班同学鹿目达也。之后五代优遭遇魔兽袭击，鹿目达也为了拉回即将呗货车装上的五代优，付出了被撞成重伤的代价。

为了拯救濒死的达也，五代优不得不与神秘宇宙生物‘丘比’签订契约，成为魔法少女来挽救达也的生命。从而背负起消灭威胁人类社会‘魔兽’的使命。

然而这一切并非她所想的那么简单……