现代科技的发展已是大大超越了以往世界所能够承载的速度，从科技文明的开端到现代的科技，经历的无数战争与无数次科技发展，海军舰队也早已从早时的钢铁怪兽进化成为人类一样存在的科技体，人们称其为——舰娘。

舰娘是帮助人类守卫大海，护卫世界的重要力量，但却有着另一种力量与其抗衡，势要从人类的手中抢过世界的主导权，她们同是舰娘，但却拥有与之不同的黑暗力量，她们既是舰娘，又非舰娘，是舰娘死后对人类，对战争的怨恨产生的亡灵实体，人们称其为——深海舰队。

从最终的战事结束后，人类一直处于平稳发展，经历了十七年的快速发展，人类的科技已经处于前所未有的顶峰，深海舰队销声匿迹了一般，已经有十七个年头没有在人类的世界中出现。被总督捡回来的孤儿妍月也已经十七岁了，独自成长的道路上没有朋友，没有父母，也没有任何的亲人，直到进入了海军学院，才结识到了一生的挚友，奥菲利亚。