2035年11月12日俄国远东地区一场预计破坏程度超乎以往的圣杯战争即将拉开序幕，由于不明原因上一次圣杯战争被魔术师欲望所污染的黑圣杯与本次战争大圣杯同时现世，大地抑制力召唤神代ruler职介从者回收两座圣杯。只是召唤仪式因黑之圣杯影响出现差错，被ruler附身形成亚从者的人造人因失去全部记忆难以担负其职责，强行插手圣杯战争进程的联合国“调停者”组织低估对方实力受到沉重打击。

西伯利亚荒原之中以黑圣杯为中心建立驱逐生者的现代繁华都市。

受抑制力召唤神代从者与卫国英雄和被黑之圣杯挟持的神代从者与冠位候补从者在此展开最终决战……。