本作为《数码兽狩猎者》的续作，主角是以米娜为主。

在凯伊等人打败奥古杜兽，数码世界和人类世界总算恢复和平，而回到人类世界的大家也再次过上平静的生活。可直到一年以后，新的危机再次出现！但这次的敌人却是自称来自异世界，曾在远古时期被还未堕落的光明兽囚禁在黑暗区域的‘不死之王’！‘不死之王’为了实现自己的野心，想让‘禁忌之器’降临世间！

然而‘禁忌之器’需要合适的人类容器，而米娜是最佳的首选。而作为‘容器’的米娜，被‘不死之王’的部下带到黑暗区域！

与此同时，为了抓住‘不死之王’，一位名叫伊莉莎白的年轻女性和名叫涅柔斯的光明兽从异世界来到了黑暗区域。可是由于敌人的陷阱，却导致两人失散。

失落之际，听从‘指引之声’的涅柔斯只好将曾经拯救过世界的凯伊等人分别传送至不同领域，以此来完成特别的使命。其中就包括被他指引至黑暗区域的莱德等人……

面对未知的敌人，大家该何去何从？