公历2012年7月初，深海战舰少女开始出现在地球各海域，并且宣称要屠戮尽“残忍和邪恶的人类”。联合国因此迅速建立了联合国总督府，对抗深海。起初，因为深海力量强大，人类很快进入劣势。但自从一位来自中国的非常年轻的战术家加入UN总督府之后，他联合来自世界各地各行业顶尖人物创造了人类舰娘，并通过将近3年时间使人类与深海的实力处于平衡状态。

在2015年7月初，有一位来自国际警察局的警官，苍蓝，在战术家的挚友逍遥游的指导下，在一个小岛上摧毁海盗途中与被重点关押的深海要塞少女帕琪娜（Pachina）邂逅。从此苍蓝成为了帕琪娜的提督，辞去警察职务并加入到星海港联合舰队。而深海与人类之间的关系不但随之缓和，还在一系列事件里发现冥冥之中的羁绊，甚至发现了在此背后的重重黑幕。

而苍蓝，这个突然被卷进战争中的中国青年，将会在混乱的战争之中寻找真相与真理，带着他心爱的要塞少女帕琪娜为了世界和平的理想而奋斗。